Après une formation littéraire et musicale, Jean-Yves Ruf Intègre l’Ecole Nationale supérieure du Théâtre National de Strasbourg (1993-1996) puis l’Unité nomade de Formation à la mise en scène (2000), lui permettant notamment de travailler avec Krystian Lupa à Cracovie et avec Claude Régy. Il est à la fois comédien, metteur en scène, et pédagogue.
Parmi ses récentes mises en scène, on peut noter Elena de Cavalli (Festival d’Aix-en-Provence), Don Giovanni de Mozart (Opéra de Dijon), Troïlus et Cressida de Shakespeare (Comédie Française), Agrippina de Haendel (Opéra de Dijon), Lettre au père de Kafka (Vidy Lausanne, Théâtre des Bouffes‐du-Nord), La Panne de Dürrenmatt (Vidy-Lausanne), Eugène Onéguine de Tchaïkowski (Opéra de Lille).
Il mettra en scène prochainement une des dernières pièces d’Eugène O’Neill, Hughie, à l’Espace des Arts de Chalon-sur‐Saône (tournée Vidy-Lausanne, Dijon, Oullins). De janvier 2007 à décembre 2010, il a dirigé la Manufacture – Haute école de théâtre de Suisse romande.